Дело в том, что на изображении прокрашены только света, слой краски почти не изменяет цвет теней. Если тени оставить черными, то картинка будет смотреться более грязно. Тонкий слой краски попавший на тени будет иметь грязный цвет. К сожалению, при сканировании таких картинок становятся заметными мазки кисти , которые на реальном отпечатке почти не читаются. (Надо сказать, что это был первый опыт и работа кистью мне не понравилась. Теперь я наношу краску ватными тампонами, изображение остается более "фотографичным"

) Слой краски не такой толстый, как может показаться
Перейдите на краски для батика (анилиновые или некоторые импортные по шелку), тогда никакого слоя краски не будет видно ни на сканах, ни на отпечатках. И с тенями будет проще: ведь в реальности, чем темнее, тем хуже мы воспринимаем цвет. Прозрачный краситель ничего не изменит в худшую сторону в тенях. Потом: по вашему ответу мне не очень понятно, что же вы выборочно тонировали в сепию? В принципе, я думаю, если красить масляными красками (на западе такая технология существует и краски специальные выпускают), то тонировать в сепию не обязательно. Сюжет желателен, где не много плотных теней.